出版社に届く注文がFAXDMによるものか区別できますか？

はい。区別することできます。それは、FAXDM原稿にナンバリングをする方法です。つまり、FAXDM原稿の番線印を押す欄の横辺りにナンバーを入れるのです。

ｅパートナーでよくやるのは、以下のようにやっております。ご参考にしてみてください。

どの原稿で注文が来たか区別する方法
ナンバリングの見本はこちら